#+Title: Reproduzierbare Veröffentlichungen

#+LaTeX_CLASS: beamer
# switch the options to handout to generate a handout.
#+LaTeX_CLASS_OPTIONS: [presentation, bigger]
#+Options: H:2 toc:nil

#+LaTeX_HEADER: \makeatletter
#+LaTeX_HEADER: \renewenvironment{minted@colorbg}[1]{
#+LaTeX_HEADER: \setlength{\fboxsep}{\z@}
#+LaTeX_HEADER: \def\minted@bgcol{#1}
#+LaTeX_HEADER: \noindent
#+LaTeX_HEADER: \begin{lrbox}{\minted@bgbox}
#+LaTeX_HEADER: \begin{minipage}{\linewidth}}
#+LaTeX_HEADER: {\end{minipage}
#+LaTeX_HEADER: \end{lrbox}%
#+LaTeX_HEADER: \colorbox{\minted@bgcol}{\usebox{\minted@bgbox}}}
#+LaTeX_HEADER: \makeatother

#+BEGIN_LaTeX
\definecolor{mintedbg}{rgb}{0.95,0.95,0.95}
#+END_LaTeX

* Problem
** Falscher Anreiz                                                :no-export:

*** Columns                                                       :B_columns:
    :PROPERTIES:
    :BEAMER_env: columns
    :BEAMER_opt: t
    :END:
**** Die Versuchung                                           :B_block:BMCOL:
    :PROPERTIES:
    :BEAMER_col: 0.5
    :BEAMER_env: block
    :BEAMER_act: <1-2>
    :END:

\small 

- „Haben Sie einmal ein Paper mit per Skript erstellten Grafiken veröffentlicht?“
- „Haben Sie Skripte und Daten veröffentlicht?“
- „Warum erfinden Sie die Daten nicht?“

**** Pfusch in der Wissenschaft                                               :B_block:BMCOL:
    :PROPERTIES:
    :BEAMER_col: 0.5
    :BEAMER_env: block
    :BEAMER_act: <2->
    :END:

\small

- Einstieg: „passte ich den Untersuchungsentwurf an“.
- Dietrich Stapel: „Es war grau und es war üblich“.
- Sturz: „erfindet die Daten“.
- „Forscher gratulieren“.
- „Drei [seiner] Doktoranden sind Ungereimtheiten […] aufgefallen“.

/[Quarks & Co., 2013-06-04]/

** Herausforderungen
*** Columns                                                       :B_columns:
    :PROPERTIES:
    :BEAMER_env: columns
    :BEAMER_opt: t
    :END:
**** Wissenschaft                                             :B_block:BMCOL:
    :PROPERTIES:
    :BEAMER_col: 0.5
    :BEAMER_env: block
    :END:

- referenzierbar?
- vertrauenswürdig?
- prüfbar?
- wiederholbar?

/Vertrauen in andere durch saubere Veröffentlichungen./

**** Forschende                                               :B_block:BMCOL:
    :PROPERTIES:
    :BEAMER_col: 0.5
    :BEAMER_env: block
    :BEAMER_envargs: <3->
    :END:

- „Welche Daten nutze ich?“
- „Liefere ich alle Daten?“
- „Wie habe ich das Paper damals erstellt?“

/Vertrauen in die eigene Veröffentlichung./

* Ansatz
** Anforderungen an ein System

- Diagramme und Tabellen aus aktuellen Daten
- Benötigte Daten und Skripte beilegen
- Automatisiert mit Selbsttest

* Realisierung
** Eine Lösung: org-mode + autotools
*** Columns                                                       :B_columns:
    :PROPERTIES:
    :BEAMER_env: columns
    :BEAMER_opt: t
    :END:
**** Emacs Org-Mode                                           :B_block:BMCOL:
     :PROPERTIES:
     :BEAMER_col: 0.5
     :BEAMER_env: block
     :END:

#+BEGIN_src sh
  #+BEGIN_SRC python
    import pylab
    data = pylab.genfromtxt(
        "data.txt")
    pylab.plot(data)
    pylab.savefig(
        "image.png")
    print "[[./image.png]]"
  # #+END_src
#+END_src

**** GNU autotools distcheck                                  :B_block:BMCOL:
     :PROPERTIES:
     :BEAMER_col: 0.5
     :BEAMER_env: block
     :END:

#+BEGIN_SRC sh
  autoreconf -i && \
  ./configure && \
  make distcheck
#+END_SRC

→ repro-pub-0.1.tar.gz

[[./dist-tarball.png]]

*** Analog
Versuchsaufbau *exakt* beschreiben.

* Abschluss

** Danke!

*** Danke für Ihre Aufmerksamkeit!                                  :B_block:
    :PROPERTIES:
    :BEAMER_env: block
    :END:

Bitte stellen Sie ihre Fragen

** Quellen

\small

- Emacs: [[http://gnu.org/s/emacs][gnu.org/s/emacs]]
- Org-Mode: [[http://orgmode.org][orgmode.org]]
- GNU autoconf: [[http://gnu.org/software/autoconf/][gnu.org/s/autoconf]]
- GNU automake: [[http://gnu.org/software/automake/][gnu.org/s/automake]]
- Einfacher Einstieg: [[http://draketo.de/light/english/free-software/makefile-to-autotools][draketo.de/light/english/free-software/makefile-to-autotools]]

# Local Variables:
# org-latex-minted-options: (("bgcolor" "mintedbg") ("frame" "single") ("framesep" "6pt") ("mathescape" "true") ("fontsize" "\\footnotesize"))
# End: